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Tras su impresionante Mundial sub-20, Messi fue convocado por el seleccionador argentino José Pekerman el 17 de agosto de 2005 frente a la selección de Hungría. El seleccionador argentino sacó al campo a Leo en el minuto 65 en substitucion de Lisandro Lopéz, a los 90 segundos Leo agarra la pelota en el medio del campo allí noto que un jugador hungaro, Vanczak, le cojia de la camiseta y de forma instintiva para quitarse de encima al jugador tiro el brazo hacia detras, con tanta mala suerte que le dio en la cara del jugador hungaro (que hizo tanto teatro como pudo...) y claro como no el arbitro (MARKUS MERK) le saco tarjeta roja frente la sorpresa tanto de Messi, de los jugadores argentinos y el mundo entero. El 3 de septiembre llegaría una nueva oportunidad al enfrentarse a Paraguay en la fase de clasificación para el Mundial de 2006.

Messi llegó al Mundial del 2006 luego de superar una reciente lesión que arrastraba desde marzo. Debutó en la Copa del Mundo en el segundo partido de Argentina, ante Serbia y Montenegro. Ingresó al campo de juego en el minuto 73 con un 3-0 a favor de la albiceleste. Lejos de cuidar el resultado, la Pulga se encargó de ampliarlo junto a Carlos Tévez, dando una asistencia de gol a Hernán Crespo apenas cinco minutos después de haber ingresado, y marcando el 6-0 final en el 88, convirtiéndose así en el sexto jugador más joven en anotar un gol en la historia de los Mundiales. Fue titular en el tercer partido del grupo, contra Países Bajos (0-0) y en octavos de final ante México, entrando en el minuto 84 y jugando toda la prórroga en la que venció Argentina por 2-1. En cuartos de final Argentina quedó eliminada en los penaltis frente a Alemania y Messi no jugó ni un sólo minuto. Buena parte de la crítica especializada como de la opinión popular criticaron al entrenador José Pekerman por esta decisión.